《蝙蝠侠：血脉恩仇》讲述了蝙蝠侠在与一群神秘的恶徒战斗中失踪的故事。他的盟友们，包括夜翼、罗宾、蝙蝠女侠和蝠翼，必须团结起来，找出蝙蝠侠的下落，并揭露一个阴谋，威胁到了整个哥谭市的安全。影片一开始，蝙蝠侠在拯救一位被绑架的科学家时，遭到了一名自称异教徒的武装分子的袭击。异教徒声称自己是蝙蝠侠的儿子，是他和塔莉娅·阿尔古尔的私生子。他还带来了一批受过洗脑的超级反派，包括重磅炸弹、黑面具、萤火虫、疯帽子和杀手蛾。蝙蝠侠在与他们的激战中，被一枚导弹击中，坠入河中，失去了联系。夜翼和罗宾发现了蝙蝠侠的失踪，决定暂时替代他的身份，继续保护哥谭市。同时，他们也遇到了一位新的英雄，蝙蝠女侠，她是一位同性恋的富家女，叫做凯特·凯恩。她在一次被绑架的经历中，受到了蝙蝠侠的启发，决定成为一位正义的战士。她也加入了寻找蝙蝠侠的行动，与夜翼和罗宾建立了友谊。另一方面，蝙蝠侠的好友，卢修斯·福克斯的儿子，路克·福克斯，也发现了蝙蝠侠的秘密基地。他是一位天才的发明家，为蝙蝠侠制造了一套高科技的战斗服，叫做蝠翼。他也决定加入蝙蝠侠的队伍，帮助他们对抗异教徒的阴谋。原来，异教徒是塔莉娅·阿尔古尔的手下，她是蝙蝠侠的前女友，也是罗宾的母亲。她是一位邪恶的组织，恶魔之头的领导人。她利用异教徒，绑架了一批科学家，计划用他们的大脑，制造一个能够控制全世界的超级电脑。她还利用了蝙蝠侠的血液，复制了他的基因，创造了一个和他一模一样的克隆人，作为她的傀儡。蝙蝠侠在河中被塔莉娅·阿尔古尔救起，但是也被她洗脑，成为了她的忠实仆人。她带着他和异教徒，返回了她的基地，准备启动她的计划。夜翼、罗宾、蝙蝠女侠和蝠翼，通过蝙蝠侠的信号，追踪到了她的位置，展开了一场激烈的决战。在战斗中，异教徒被蝙蝠侠的克隆人杀死，因为他嫉妒他是蝙蝠侠的真正儿子。蝙蝠侠的克隆人也被罗宾打败，因为他无法抵抗他的父子情感。蝙蝠侠在夜翼和蝙蝠女侠的帮助下，恢复了意识，反抗了塔莉娅·阿尔古尔。他们成功地破坏了她的超级电脑，阻止了她的阴谋。塔莉娅·阿尔古尔在逃跑时，被她的克隆人追上，两人一起坠入了爆炸的火海。蝙蝠侠和他的盟友们，幸存了下来，回到了哥谭市。蝙蝠侠感谢了他们的帮助，邀请他们加入他的团队，一起维护正义。他们欣然接受了他的邀请，成为了蝙蝠家族的一员。影片的最后，蝙蝠侠的另一位盟友，蝙蝠女士，也出现了，表示她也愿意加入他们的行列。